Warum ich das nicht schon früher gefunden und gepostet hab weiß ich nicht genau, jedenfalls beschreibt es der Thread im Adobe-Forum am besten:
Get rid of the floating toolbar: http://adobe.ly/lEkqYH
The following registry key has to be added to the msi or mst
[HKEY_CURRENT_USERSoftwareAdobeAcrobat Reader10.0AVGeneral]
„bBrowserDisplayInReadMode“=dword:00000000